O estudo do passado não pode ser feito directamente, mas de forma mediada através dos vestígios da actividade humana, a que é dado o nome genérico de fontes históricas. Embora com ligeiras cambiantes no significado, também se utilizam termos como documentos, testemunhos, vestígios ou monumentos. As fontes podem ser classificadas segundo vários pontos de vista, mas vamos aqui referir apenas as fontes materiais, as escritas, as iconográficas e as orais. As fontes materiais ou documentos figurados, constituem os vestígios materiais da actividade humana e que incluem as fontes arqueológicas em geral, os instrumentos de trabalho, os monumentos, as moedas, entre muitas outras. Algumas ciências auxiliares da história são dedicadas a este tipo de fontes, como a Arqueologia, a Numismática e a Sigilografia.
No campo da História da Farmácia, estas fontes são muito importantes e incluem aquelas (almofarizes, potes de outros artefactos de farmácia) a cuja conservação se dedicam os museus de farmácia. As fontes escritas são geralmente as de utilização mais geral e distinguem-se entre si pelo suporte e técnica utilizados na escrita. No estudo das épocas Moderna e Contemporânea, as fontes escritas utilizadas são normalmente classificadas em manuscritas (uma carta de boticário, uma receita) e impressas (uma farmacopeia, um periódico farmacêutico). Das fontes escritas se ocupam ciências auxiliares como a Paleografia, a Filologia, a Epigrafia, a Papirologia, a Diplomática. As fontes iconográficas são as que representam imagens (uma gravura, uma fotografia, um filme). As fontes orais incluem toda a informação e tradição que é conservada na memória dos indivíduos e transmitida oralmente de uns para outros. Estas fontes são particularmente importantes no estudo da história dos povos primitivos.
